Obecną nazwę Centrum nosi od 1 września 1994 roku. Do jego głównych zadań należy w dalszym ciągu szkolenie kandydatów na żołnierzy zawodowych i ich doskonalenie zawodowe. W roku 1998 nadano Centrum „Znak Honorowy Sił Zbrojnych RP”. Decyzją ministra Obrony Narodowej nr 63 z 7 sierpnia 1992 Centrum otrzymało imię Dowódcy Floty wiceadmirała Józefa Unruga. Z kolei 3 września 1994 r. CSMW otrzymało nowy sztandar i dzień ten – decyzją ministra Obrony Narodowej z maja 1995 r. – ustanowiono świętem jednostki.